Чебоксарский Свято-Троицкий мужской монастырь был основан в 1566 году по указу царя Иоанна Васильевича Грозного. Монастырь был создан в миссионерских целях, для проповеди Православия среди языческих народов Поволжья, имел общежительный устав.

В 1924 году был закрыт советской властью.

В 1993 году вновь открыт и начал восстанавливаться. С 1993 по 2009 год наместником монастыря являлся игумен, впоследствии архимандрит, епископ Савватий (Антонов).

С 25 декабря 2009 года наместником монастыря является игумен Василий (Паскье). C апреля 2011 года - в сане архимандрита.

Священноархимандритом обители является правящий архиерей, в настоящее время митрополит Чебоксарский и Чувашский Савватий.