Согласно Уставу, управление деятельностью осуществляется в соответствии с действующим законодательством Российской Федерации и Уставом образовательного учреждения на основе сочетания принципов единоначалия и коллегиальности.
Высшим органом управления Центром является его Учредитель – Религиозная организация «Чебоксарско-Чувашская епархия Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)».
Единоличным исполнительным органом Центром является Директор. Директор Центра осуществляет текущее руководство деятельностью Центра, подотчетен Учредителю. Директор назначается решением Учредителя на 5 (пять) лет.
В Центре формируются коллегиальные органы управления, к которым относятся:
Общее собрание работников и обучающихся,
Педагогический совет.
Структурных подразделений и филиалов Религиозная организация — духовная профессиональная образовательная организация «Центр подготовки церковных специалистов имени святителя Гурия Казанского Чувашской Митрополии Русской Православной Церкви (Московский Патриархат)» нет.