Свято-Троицкий Алатырский мужской монастырь был основан, согласно предания, в XVI веке по повелению царя Иоанна IV и построен за счет Алатырского посада и Государевой казны. С 1615 по 1763 г. был приписан к Троице-Сергиевой лавре. С 1764 положен в 3 штате и состоял под ведомством сначала Нижегородской, затем Казанской и Симбирской епархий. К монастырю были приписаны 2 пустыни: Святаго Духа и Ключевская. Монастырь был знаменит чудотворной Ключевской Казанской иконой Божией Матери и чудесами от гробницы алатырского подвижника схимонаха Вассиана, канонизация которого готовилась дважды – в 1910 и 1919 г.г. В 1920 г. монастырь был закрыт и насельники изгнаны. Территорию и помещения монастыря использовали для Дома принудительных работ, а затем под различные промышленные предприятия.Братия была репрессирована, по свидетельствам современников расстреляна. В марте 1995 г. монастырь был возвращен Русской православной церкви для возрождения монашеской жизни.

В настоящее время в монастыре проживает 80 человек братии, монастырь  принимает паломников, действует богадельня для монахинь.

За прошедшие годы в монастыре восстановлено и построено заново 7 храмов:

храм Пресвятой Троицы,

храм Покрова Пресвятой Богородицы,

храм Казанской иконы Божией Матери,

храм преподобного Сергия игумена Радонежского,

храм преподобного Серафима Саровского,

храм апостола Варнавы,

храм преподобного Вассиана в заново построенной колокольне.

Монастырь имеет сельскохозяйственное подворье Рождественский скит, расположенное в 15 км от г.Алатыря в Ахматовской сельской администрации Алатырского района. Подворью принадлежит на праве собственности более 400 гектар земли, где насельники монастыря выращивают зерновые, кормовые, плодовые, овощные культуры, имеют поголовье на более чем 100 голов крупного рогатого скота, занимаются птицеводством,  выращивают рыбу в искусственном пруду. На подворье Рождественский скит  построен храм Рождества Христова, богослужения проводятся ежедневно, также ведется строительство храма в честь Иверской иконы Божией Матери, освящение которого планируется в 2012 г.