Идея создания храма в деревни Липсеры Цивильского района Чувашской Республики берёт начало с 30-х годов. Деревню Липсеры пополам разделяет глубокий овраг, где шумят высокие деревья, словно напоминая прошлую историю. Глубокий овраг когда-то был окружен лесом. Первые поселенцы этой местности выбрали чудное место-недалеко протекает река Цивиль. 
Главным историческим событием было чудное сошествие на дно глубокого оврага КРЕСТА с пятью образами: Спасителя, Богородицы,св. Николая Чудотворца, священномученика Харлампия и мученика Иоанна Война. Очевидцем этого момента был житель деревни Липсеры Иванов Андрей. Талантливый плотник на дне оврага мастерил по заказу деревянное корыто. Об этом сообщено было духовенству, которое решило на дне оврага, куда сошел Крест, построить Часовню, а наверху- храм. Крест хранился в деревянной Часовне. 
В годы лихолетья (в 1948 году) деревянная Часовня была разрушена. Незадолго до разрушения с Часовни исчез Крест. Остановилось и строительство храма. Но жители сохранили старый проект храма. 
Спустя годы в сухом овраге появился источник воды. Чудеса происходили по молитвам верующих, как в Часовне, так и после разрушения Часовни, кто с верой приходил на это место молитвенно просить.

Строительство современного храма было начато, по благословению митрополита Чебоксарского и Чувашского Варнавы, в  2012 году. Решением приходского совета и жителей села прихода в честь  священномученика Харалампия д.Липсеры переименовали на приход в честь в честь преподобномученицы великой княгини Елисаветы с. Липсеры Цивильского района.

7 февраля 2023 года в день памяти святителя Григория Богослова , глава Чувашской митрополии митрополит Чебоксарский и Чувашский Савватий возглавил чин Великого освящения храма